Gli organi dell'Associazione Sigismondo Malatesta sono: il Collegio dei Soci Fondatori, il Consiglio Direttivo e il Presidente.
Al Collegio spetta la nomina del Presidente, di parte del Consiglio Direttivo, dei nuovi Soci e l'approvazione dei bilanci; al Consiglio Direttivo, composto da Soci Fondatori e da Soci Sostenitori, compete la scelta dei programmi e la loro realizzazione; il Consiglio Direttivo designa, inoltre, i membri del Comitato Scientifico.
Il Presidente rappresenta l'Associazione a tutti gli effetti, presiede il Collegio dei Soci Fondatori, il Consiglio Direttivo e il Comitato Scientifico, nomina il vice-Presidente.
Tutte le cariche e le nomine hanno durata triennale.
L'attività ordinaria dell'Associazione è finanziariamente sostenuta dai Soci Fondatori, dai Soci Sostenitori e da eventuali altri contributi.
I progetti dell'Associazione possono essere coperti da sponsorizzazioni e finanziamenti pubblici o privati.
Paolo Amalfitano, Silvia Carandini, Marina Colonna, Francesco Fiorentino, Loretta Innocenti
Elisabetta Abignente, Paolo Amalfitano, Silvia Carandini, Marina Colonna, Francesco de Cristofaro, Francesco Fiorentino, Flavia Gherardi, Loretta Innocenti, Gianni Iotti, Noemi Massari, Luca Pietromarchi, Sergio Zatti